扁桃体结石最简单的处理方法可以尝试用温水漱口。每天用温盐水漱口几次，每次含漱30秒左右，能帮助松动结石并清洁口腔，大概坚持几天可能会让较小的结石脱落。
日常自我清理方法
用棉签轻轻拨弄：如果能看到比较浅的结石，在保证卫生的情况下，用干净的棉签小心地去拨弄，有可能将结石拨出，但要注意力度，避免损伤扁桃体。使用水牙线冲洗：借助水牙线的水流冲击，对准扁桃体隐窝部位，适当调整水流压力，也有一定概率把结石冲出来。一般水牙线的压力可以先调至中等强度尝试。
就医处理情况
医生用镊子取出：当自己处理困难或者结石较大较深时，需要就医，医生会用专门的镊子等工具将结石取出，这个过程一般比较快，几分钟就能完成。频繁发作需手术：如果扁桃体结石经常反复出现，严重影响生活，比如经常喉咙异物感、反复感染等，可能需要考虑做扁桃体切除术，不过这是比较最后的手段，一般在药物和保守治疗无效后才会考虑，手术需要住院，大概住院3 - 5天左右。
预防扁桃体结石的方法
保持口腔清洁：每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟，饭后最好能漱口，及时清除口腔内的食物残渣，减少结石形成的机会。规律作息与饮食：要保证充足的睡眠，避免熬夜，饮食上要少吃辛辣、油腻、刺激性食物，多吃蔬菜水果，保持饮食均衡，这样能维持扁桃体正常的生理功能，降低结石发生的风险。