小便时阴茎疼痛主要由泌尿系统炎症、泌尿系统结石引发，可通过生活护理加以改善，同时也要积极配合医生针对病因进行治疗。
一、生活护理
1.局部清洁：当小便出现阴茎疼痛时，可使用生理盐水或温水对局部进行擦洗，以保持局部干净、清洁，还需勤换洗内裤，避免感染。
2.饮食注意：饮食上应避免食用辛辣刺激性食物，如大蒜、辣椒等，以防刺激尿道口导致疼痛加重。
3.性生活限制：短时间内不宜进行性生活，同时要注意多休息。
4.增加饮水：多喝水可增加排尿量，促进身体代谢，有利于病情恢复。
二、针对病因治疗
1.泌尿系统感染
(1)致病原因：若不注意阴茎卫生等，可能导致细菌等病原体感染。
(2)症状表现：由于炎性物质刺激局部会引起疼痛。
(3)治疗方法：可在局部涂抹碘伏进行消毒；若是细菌感染，可涂抹红霉素软膏、夫西地酸乳膏等药物控制感染，配合口服阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等进行全身抗感染治疗；对于支原体、衣原体感染可口服多西环素片、阿奇霉素胶囊进行治疗。在治疗期间不可进行性生活，防止交叉感染，被污染的衣裤要及时妥善处理。
2.泌尿系统结石
(1)致病原因：存在泌尿系统结石时，因结石刺激局部黏膜会导致疼痛。
(2)症状表现：伴有排尿困难、血尿、尿频等不适。
(3)治疗方法：当结石较小时，可遵医嘱选用尿石通丸、排石颗粒等药物进行排石治疗；当结石较大且无法自行排出时，应遵医嘱进行尿道激光碎石术、尿道切开取石术等治疗。
对于小便时阴茎疼痛的男性，如果此症状长时间不缓解，应前往医院泌尿外科就诊，完善B超检查、血常规检查等以明确诊断，并遵医嘱积极进行治疗。
总之，当出现小便时阴茎疼痛的情况，要重视生活护理，同时根据具体病因进行针对性治疗，以促进症状的缓解和康复。