孕酮低可能由多种原因引起。比如，女性卵巢功能减退时，会影响孕酮的分泌，大约有15% - 25%的早期流产与孕酮低有关。另外，内分泌失调也是常见因素，像甲状腺功能异常等情况可能干扰孕酮的正常合成与分泌。还有，一些疾病也可能导致孕酮低，比如多囊卵巢综合征患者，其体内激素失衡，孕酮水平往往偏低。
卵巢功能方面的原因
卵泡发育异常：如果卵泡发育不好，就会影响孕酮的分泌。正常情况下，卵泡发育成熟排卵后，黄体形成会分泌孕酮。但要是卵泡发育出现问题，黄体功能也会受影响，进而导致孕酮水平降低。卵巢疾病影响：像卵巢早衰等卵巢疾病，会使卵巢的功能衰退，从而使得孕酮的分泌量减少。
内分泌失调相关因素
甲状腺功能问题：甲状腺是人体重要的内分泌器官，当甲状腺功能出现异常，比如甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌系统的平衡，进而影响孕酮的分泌。研究发现，约有一定比例的甲状腺功能异常患者会伴随孕酮低的情况。其他激素失衡：体内雌激素等其他激素的失衡也可能间接导致孕酮低。例如雌激素水平过高时，可能会干扰孕酮的正常代谢和分泌过程。
疾病导致的孕酮低情况
多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者体内雄激素水平升高，会抑制卵泡的正常发育和排卵，同时也会影响孕酮的合成。临床上，很多多囊卵巢综合征患者都存在孕酮低的现象。其他妇科疾病：一些妇科炎症性疾病或者肿瘤性疾病等，也可能影响到卵巢的功能，从而导致孕酮分泌不足。比如子宫内膜异位症等疾病，就可能对孕酮的分泌产生不良影响。