肠道淋巴炎多由病毒或细菌感染引起，比如大约60%的肠道淋巴炎是由病毒感染导致的，像柯萨奇B组病毒等常见病毒就容易引发。
病毒感染因素
肠道病毒感染： 柯萨奇病毒是引发肠道淋巴炎较为常见的病毒之一。儿童在接触了被柯萨奇病毒污染的食物、水源等后，病毒容易入侵肠道，进而影响肠道淋巴结，导致肠道淋巴炎发生。例如在一些集体生活的环境中，儿童之间相互接触，病毒传播风险较高。其他病毒： 像腺病毒等也可能引起肠道淋巴炎。腺病毒感染后，会在肠道内繁殖，刺激肠道淋巴结，使得淋巴结出现炎症反应。
细菌感染因素
沙门氏菌感染： 沙门氏菌是一种常见的致病菌，当人体食用了被沙门氏菌污染的食物，如未煮熟的蛋类、肉类等，沙门氏菌会进入肠道，引发肠道炎症反应，同时波及肠道淋巴结，导致肠道淋巴炎。比如家庭烹饪时，肉类加热不彻底就可能残留沙门氏菌。志贺菌感染： 志贺菌感染人体肠道后，会在肠道黏膜定植并繁殖，引起肠道的炎症病变，进而影响到肠道淋巴结，导致肠道淋巴炎的出现。志贺菌感染往往通过被污染的手、食物等途径传播。
免疫系统因素
儿童免疫系统发育不完善： 儿童的免疫系统相对成人来说还不够成熟，对病毒和细菌的抵御能力较弱。当有病毒或细菌入侵肠道时，儿童的肠道淋巴结更容易受到影响而发生炎症。一般2 - 7岁的儿童是肠道淋巴炎的高发人群，就是因为这个年龄段孩子免疫系统发育尚不完善。自身免疫反应异常： 少数情况下，自身免疫系统出现异常时，也可能攻击肠道淋巴结，引发肠道淋巴炎。但这种情况相对较为少见，更多见的还是由感染因素引起的肠道淋巴炎。