怀孕48天阴道有棕色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕48天时，孕囊着床尚不稳定，剧烈运动、性生活、过度劳累等可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长时，可呈现为棕色分泌物。此时应及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应注意休息，避免劳累和性生活，在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起腹腔内出血，出血量少时，也可表现为阴道少量棕色分泌物。此外，还可能伴有腹痛、恶心、呕吐等症状。异位妊娠是一种急症，需要及时就医，通过超声检查、血HCG检测等明确诊断，并根据具体情况选择手术治疗或药物保守治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈慢性炎症的一种表现，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，可表现为阴道分泌物增多、白带带血或性交后出血。怀孕后，由于体内激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致出血增加。宫颈息肉一般通过妇科检查即可确诊，确诊后可在医生的指导下进行息肉摘除术。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致怀孕后阴道出血。
总之，怀孕48天出现阴道棕色分泌物，需要引起重视，及时就医，明确原因，并采取相应的处理措施。此外，在孕早期，还应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时进行产前检查。