停经三年后又来月经可能是由阴道炎、宫颈息肉或卵巢肿瘤等原因引起，并非真正的月经，且需根据不同原因采取不同治疗方法。
一、阴道炎：这可能是由于患者阴道黏膜受到炎症刺激，导致组织发生病变，形成黏膜息肉。而息肉容易破损，从而引发阴道流血。针对阴道炎，可使用如下药物治疗，需严格遵医嘱用药。比如，可使用甲硝唑、替硝唑来治疗滴虫性阴道炎；使用硝酸咪康唑等药物来治疗霉菌性阴道炎等。
二、宫颈息肉：若患者宫颈长期存在慢性炎症，会使组织增生，在局部形成赘生物，进而导致患者出现阴道流血，白带中也可能带有血丝。对于宫颈息肉，通常需要通过手术方式将其摘除。
三、卵巢肿瘤：一般是患者体内出现小的卵巢肿瘤，会有腹部胀痛、阴道流血等症状。对此需要通过卵巢囊肿切除手术进行治疗，药物治疗效果不佳。
总之，出现这种情况患者一定要高度重视，及时前往医院进行相关检查，以免延误病情。