肠道功能紊乱的症状特征较多，常见的如消化方面，患者可能会出现约1/3的人有消化不良的情况，表现为进食后上腹部饱胀、早饱感等。
消化功能相关症状
腹胀表现： 肠道功能紊乱时，很多人会有不同程度的腹胀，尤其是在进食后更为明显，有时会感觉腹部像胀满了气一样，影响食欲。腹痛情况： 部分患者会出现腹痛，疼痛部位不固定，多为隐痛或胀痛，一般持续时间较短，有时可自行缓解，但也可能反复出现。
排便习惯改变
腹泻症状： 每天排便次数可能会增多，可达3 - 5次甚至更多，大便质地较稀，呈糊状或水样，可能还会伴有不消化的食物残渣。例如有些患者会在情绪紧张时出现腹泻，这与肠道功能紊乱导致的肠道蠕动加快有关。便秘表现： 也有患者会出现便秘，排便困难，大便干结，数天甚至一周才排便一次，排便时感觉费力，有的还会伴有肛门坠胀感。
全身伴随症状
精神方面： 肠道功能紊乱常可能伴有精神症状，约半数以上患者会有失眠、焦虑、抑郁、头痛等表现。比如长期受肠道功能紊乱困扰的人，可能会因为睡眠不好而精神状态差，容易烦躁不安。其他表现： 部分患者还可能出现乏力、心悸等全身不适症状，这是因为肠道功能紊乱影响了身体的整体状态，导致机体的代谢和神经调节等出现一定紊乱。