胃肠功能紊乱的症状特征较为多样。一般来说，胃肠功能紊乱可能出现消化系统相关的多种表现。
胃肠道症状表现
腹痛： 患者可能会感到腹部不同部位的疼痛，疼痛程度和性质各异，有的是隐痛，有的可能是胀痛，疼痛时间也不固定，可能持续几分钟到数小时不等。腹胀： 常常会觉得肚子胀满，尤其是在进食后更为明显，有时还能看到腹部膨隆的情况。恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会发生呕吐，呕吐物多为胃内的容物。
全身伴随症状
精神状态改变： 患者可能会出现焦虑、抑郁等情绪问题，大约有30% - 50%的胃肠功能紊乱患者会伴有不同程度的精神心理异常，比如总是忧心忡忡、情绪低落等。睡眠障碍： 容易出现入睡困难、睡眠浅、多梦等睡眠问题，长期的胃肠功能紊乱可能会影响睡眠质量，而睡眠不好又会反过来加重胃肠功能紊乱的症状，形成一个恶性循环。
排便异常表现
便秘： 大便干结，排便困难，每周排便次数可能少于3次，粪便质地硬，排出费力。腹泻： 大便次数增多，每天可能排便3次以上，粪便稀薄，水分含量多，严重时可能会出现水样便。排便不尽感： 即便排了大便，仍感觉肠道内还有粪便未排干净，总是有坠胀感。
其他症状特点
症状与情绪关系密切： 情绪波动，如紧张、焦虑、生气等，往往会使胃肠功能紊乱的症状加重。例如，在考试前或者工作压力大时，胃肠道不适的症状可能会明显加剧。症状间歇性发作： 症状不是持续不间断的，而是时轻时重，可能会有一段时间症状较轻甚至缓解，但在某些诱因下又会再次出现。比如饮食不规律或者受到寒冷刺激后，症状就容易复发。