孩子上半夜咳嗽厉害后半夜不咳嗽的主要原因包括夜间气温降低、迷走神经兴奋、体位因素等。下面详细阐述这些原因：
一、夜间气温降低：孩子自身抵抗力往往较弱，尤其在生病时，其呼吸道会更为敏感。夜间气温下降后，冷空气刺激孩子的呼吸道，就容易引发咳嗽。而后半夜孩子逐渐适应了这种气温，咳嗽便会逐渐减轻，甚至可能后半夜就不咳嗽了。这种情况下，家长需要加强护理，要给孩子做好保暖措施，可以适当让孩子喝些温水来缓解。若咳嗽比较严重，则可以遵医嘱服用小儿咳嗽糖浆、肺力咳合剂等药物进行治疗。
二、迷走神经兴奋：通常情况下，迷走神经在夜间容易变得兴奋，会刺激支气管，导致分泌物增多，进而加重咳嗽，于是就会出现孩子上半夜咳嗽厉害后半夜不咳嗽的状况。对此，可以遵医嘱给孩子服用复方氢溴酸右美沙芬糖浆来进行缓解。
三、体位因素：孩子生病感冒时，鼻黏膜容易充血水肿，鼻腔内分泌物也会增多，这样可能诱发鼻炎、鼻窦炎等疾病。夜间孩子平躺后，鼻腔内的鼻涕反流会刺激咽喉部位，从而加重咳嗽症状，当转换卧位后，症状会得到缓解，也就出现了孩子上半夜咳嗽厉害后半夜不咳嗽的现象。建议给孩子抬高枕头，或者让孩子保持侧卧位，同时可遵医嘱使用糠酸莫米松鼻喷雾剂来改善症状。
总之，当孩子出现上半夜咳嗽厉害后半夜不咳嗽的情况时，需要结合具体表现来分析原因，并采取相应的措施进行处理。