慢性肠炎的药物治疗需根据具体病情来定。一般来说，常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素。
抗生素类药物
细菌性感染引发的慢性肠炎：如果是细菌感染导致的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但18岁以下人群禁用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。对于一些革兰氏阴性菌和阳性菌感染，还可能会用到头孢类抗生素，不过使用前需要确认患者是否有头孢类药物过敏史。
止泻类药物
腹泻较严重时：当慢性肠炎患者腹泻症状比较严重时，可使用蒙脱石散。它能在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻作用。一般成人一次1袋（3克），一日3次。但如果是感染性腹泻，不能单纯只用止泻药，还需要配合抗感染治疗。
调节肠道菌群类药物
肠道菌群失调相关的慢性肠炎：像双歧杆菌四联活菌片就可以调节肠道菌群。它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌，能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，改善肠道功能。一般饭后半小时用温水送服，儿童用量需遵医嘱。这类药物可以长期服用来调节肠道菌群环境，但如果正在服用抗生素，需要间隔2 - 3小时服用，以免影响药效。
保护肠黏膜类药物
保护肠黏膜的药物：比如硫糖铝混悬凝胶，它能在肠黏膜表面形成保护膜，减少炎症等对肠黏膜的刺激。通常一次10 - 20毫升，一日2 - 4次，可在餐前1小时或睡前服用。使用时要注意，如果同时服用其他药物，可能会发生药物相互作用，需要咨询医生。慢性肠炎患者用药需要在医生的指导下进行，因为不同病因引起的慢性肠炎用药不同，而且要根据患者的具体情况来调整药物。同时，除了药物治疗，患者还需要注意饮食调整，比如避免吃辛辣、油腻、刺激性食物，规律饮食等，这样才能更好地促进病情恢复。