慢性肠炎的药物治疗需根据具体病情来选择，一般常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，而对于腹泻症状明显的患者可能会用到止泻药。
抗生素类药物
细菌感染导致的慢性肠炎：如果是由细菌感染引发的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素。不过需要注意，18岁以下人群禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。炎症性肠病相关的慢性肠炎：对于一些炎症性肠病导致的慢性肠炎，可能会用到柳氮磺吡啶，它可以在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸能够抑制肠道炎症反应。
止泻类药物
蒙脱石散：这是一种常用的止泻药，它可以吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻的作用。一般成人每次服用1袋（3克），每日3次。儿童服用时需按年龄减量。药用炭：能吸附肠道内的气体、细菌和毒素等，从而减轻腹泻症状。但不宜与维生素、抗生素等同时服用，以免影响药效。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等多种有益菌，这些有益菌可以调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长，改善肠道功能。一般成人一次2 - 3片，一日3次。儿童用药需在医生指导下减量使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：主要成分是地衣芽孢杆菌，服用后进入肠道可以消耗氧气，创造厌氧环境，促进有益厌氧菌的生长，调整肠道菌群失调。成人一次1粒，一日3次；儿童剂量酌减，可将胶囊内药粉用温水或牛奶冲服。
中药类药物
补脾益肠丸：具有健脾和胃、涩肠止泻等功效，对于脾虚泄泻型的慢性肠炎有一定的治疗作用。一般一次6克，一日3次。肠炎宁片：由地锦草、黄毛耳草、樟树根、香薷、枫香树叶等组成，能清热利湿、行气，可用于大肠湿热所致的泄泻、痢疾等，成人一次3 - 4片，一日3 - 4次；小儿酌减。但孕妇禁用肠炎宁片。