引起口腔溃疡的原因有多种，比如约有20% - 30%的口腔溃疡与遗传因素有关，如果父母双方都有复发性口腔溃疡，子女发病概率会达到80% - 90%。
一、局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 刷牙时用力过猛、吃比较硬的食物划伤口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如啃苹果时不小心咬到口腔内侧，或者刷牙时刷毛刮破了黏膜，都可能在1 - 2周内形成口腔溃疡。牙齿残冠残根刺激： 口腔里有尖锐的牙齿残冠或者残根，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡。这种情况引发的溃疡往往长期不愈，而且会反复在同一部位发作。
二、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有白塞病时，口腔溃疡只是其中一个症状，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等。一般这种免疫性因素导致的口腔溃疡病程较长，容易反复发作。免疫力低下： 当人体免疫力降低时，比如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况下，口腔黏膜的抵抗力下降，就容易受到病菌侵袭而发生溃疡。像儿童在换季时容易感冒，此时就比较容易长口腔溃疡，一般持续7 - 10天能自愈。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素缺乏，进而引发口腔溃疡。一般通过补充相应的维生素，溃疡能在1 - 2周内好转。微量元素缺乏： 缺锌也可能导致口腔溃疡。锌是人体必需的微量元素，参与人体多种生理功能，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复，从而引发口腔溃疡。一般通过多吃富含锌的食物，如瘦肉、海鲜等，溃疡情况会有所改善。