跑步膝盖两侧疼可能是以下原因引起：运动时间过长、软组织损伤、膝关节炎、髌骨软化症、半月板损伤。
一、运动时间过长：若患者长时间跑步，会对膝关节两侧组织形成刺激与损伤，从而引发酸胀、疼痛等不适症状。对此，建议患者合理安排跑步时间，适度减少运动量。同时，可在医生指导下通过按摩、热敷等方式来缓解不适。
二、软组织损伤：当患者跑步姿势不当时，可能导致膝关节两侧的软组织受损，进而出现疼痛、肿胀等状况。此时患者可遵医嘱服用塞来昔布胶囊、布洛芬胶囊等药物进行治疗。
三、膝关节炎：膝关节炎是一种以膝关节软骨退变和骨赘为特征的疾病，跑步可能诱发其发作，致使膝关节疼痛、活动障碍等不适症状出现。建议患者在医生指导下服用美洛昔康片、吡罗昔康片等抗炎止痛药物进行医治。
四、髌骨软化症：髌骨软化症通常由髌骨软骨面存在慢性损伤导致，会有膝前痛、髌骨下疼痛、膝关节疼痛等表现，且跑步后症状会更明显。患者可在医生指导下服用双氯芬酸钠缓释片、阿仑膦酸钠片等药物进行治疗。
五、半月板损伤：半月板损伤会影响膝关节功能，诱发肿胀、疼痛、活动受限等不适症状。建议患者依据医生指导进行治疗。
总之，跑步膝盖两侧疼的原因多样，患者应前往正规医院就诊，明确诊断后确定进一步的治疗方式。