房事性交疼痛的原因有多种。其中，女性方面，可能是由于妇科炎症引起，比如30%以上的女性在患有阴道炎、宫颈炎等妇科炎症时，性生活中会出现疼痛。另外，阴道干涩也可能导致性交疼痛，尤其是绝经后的女性，体内雌激素水平下降，阴道黏膜变薄、干涩，性交时容易产生疼痛。还有一种情况是子宫内膜异位症，患者在性交时可能会感到盆腔深部和腰骶部疼痛。
男性方面的原因
阴茎本身问题：包皮过长或包茎可能引发性交疼痛。过长的包皮会在性交时摩擦阴茎，导致不适甚至疼痛。另外，阴茎硬结症也会导致男性在性交时疼痛，患者阴茎上可摸到硬结，性交时硬结部位会疼痛。生殖系统炎症：前列腺炎是常见的导致男性性交疼痛的原因之一。前列腺发生炎症时，在性交过程中，前列腺充血、收缩等会引起疼痛。附睾炎也可能导致性交疼痛，炎症会使附睾部位敏感，性交时受到刺激就会疼痛。
心理因素导致的性交疼痛
焦虑紧张情绪：很多人在初次性交或者面临新的性伴侣等情况时，会出现焦虑紧张的情绪，这种情绪会影响身体的反应，导致肌肉紧张，进而引起性交疼痛。比如有研究发现，约15%的人因为心理因素在性交时出现疼痛，主要是由于过度紧张导致盆底肌肉痉挛。过去的性创伤经历：如果曾经有过不愉快的、甚至是创伤性的性经历，会在潜意识里对性交产生恐惧和抵触情绪，在再次性交时就容易出现疼痛。例如曾经遭受过性侵犯的人，在后续的性生活中很可能因为心理阴影而出现性交疼痛。