蹲下来的时候膝盖疼痛可能由多种原因引起。比如，常见的膝关节退行性病变，多见于中老年人，随着年龄增长，膝关节软骨逐渐磨损，30岁以后软骨就开始慢慢退变，蹲下来时软骨之间的摩擦等情况可能导致疼痛。
一、运动损伤导致
运动过量：如果近期进行了大量剧烈运动，像长跑、爬山等，膝关节周围的肌肉、韧带可能因过度疲劳或轻微拉伤，在蹲下来时引发疼痛。比如连续跑了5公里以上，膝关节就可能出现这种情况。运动姿势不当：错误的运动姿势，例如深蹲时姿势不正确，膝关节受力不均，也会导致蹲下来膝盖疼。比如深蹲时膝盖内扣，会增加膝关节内侧的压力，长期如此容易引发疼痛。
二、膝关节疾病引发
髌骨软化症：这是一种常见的膝关节疾病，多见于青少年和运动员。髌骨软骨面因慢性损伤后，软骨肿胀、侵蚀、龟裂、破碎、脱落，蹲下来时髌股关节摩擦增加，就会出现疼痛。一般在上下楼梯、蹲起时症状更明显。膝关节滑膜炎：膝关节受到外伤、感染或过度劳累等因素影响，滑膜产生炎症，分泌过多滑液，蹲下来时膝关节压力变化，会刺激滑膜引发疼痛。比如长期从事重体力劳动的人，容易患上膝关节滑膜炎。
三、其他原因导致
肥胖因素：过重的体重会增加膝关节的负担，蹲下来时膝关节承受的压力比正常体重者更大，长期下来容易引发膝盖疼痛。例如体重指数（BMI）超过28的人，蹲下来膝盖疼痛的几率相对较高。膝关节受凉：膝关节长期处于寒冷环境中，血液循环不畅，肌肉、韧带等组织紧张，蹲下来时也可能出现疼痛。比如在寒冷天气里长时间待在户外，没有做好膝关节保暖，就容易出现这种情况。