怀孕40天药流一般需要3~14天流干净，但个体差异较大。
药流的常用药物
米非司酮和米索前列醇：这是药流常用的组合药物。米非司酮能使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化，米索前列醇可使子宫兴奋、收缩，促使胚胎排出。
影响药流干净时间的因素
孕囊大小：如果怀孕40天时孕囊较小，相对来说药流后排干净的时间可能会短一些；若孕囊较大，可能需要更长时间来排出，甚至有药流不全的风险。一般孕囊直径小于2厘米时，药流效果相对较好，排干净的时间也可能更短。个人体质：不同女性体质不同，子宫收缩能力有差异。体质较好、子宫收缩有力的女性，药流后胚胎及附属组织排出较顺利，流干净的时间可能较短；而体质较弱、子宫收缩无力的女性，可能需要更长时间才能将宫腔内组织排净。
药流后的注意事项
观察阴道出血情况：药流后要密切关注阴道出血的量和持续时间。一般药流后阴道出血会持续7~10天，但最多不超过14天。如果阴道出血量多于月经量，或者出血时间超过14天仍未干净，要及时就医，可能需要进行B超检查，看是否有药流不全的情况。复查B超：药流后建议在药流后1~2周去医院复查B超，通过B超可以明确宫腔内是否还有残留组织。如果有残留，根据残留的大小等情况，可能需要进一步处理，如药物治疗或清宫手术。注意休息和卫生：药流后女性身体较为虚弱，要注意休息，避免劳累。同时要保持外阴清洁，勤换卫生巾，防止感染。药流后一个月内禁止性生活和盆浴。