扁桃体肿大主要是由病原体感染、免疫反应等因素引起。例如，急性扁桃体炎多由乙型溶血性链球菌等病原体感染导致，而慢性扁桃体炎往往是急性扁桃体炎反复发作或因扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变为慢性炎症。
一、感染因素导致
病毒感染： 常见的引起扁桃体肿大的病毒有腺病毒、鼻病毒等。例如腺病毒感染时，可导致扁桃体明显肿大，同时伴有发热、咽痛等症状，这种情况在儿童群体中较为常见，尤其在冬春季节病毒活跃期容易发病。细菌感染： 最主要的致病菌是乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引起。当人体抵抗力下降时，这些细菌容易侵入扁桃体，引发炎症反应，导致扁桃体肿大、充血，甚至出现化脓的情况。比如在学校等人群密集场所，儿童之间容易相互传播细菌，从而引发扁桃体肿大。
二、免疫因素相关
自身免疫反应： 当人体的免疫系统出现异常时，可能会把扁桃体组织当作外来异物进行攻击，从而导致扁桃体肿大。这种情况相对较少见，但也需要引起重视。例如一些自身免疫性疾病患者，可能会并发扁桃体肿大的症状，需要结合自身免疫相关检查来明确诊断。反复炎症刺激： 急性扁桃体炎如果没有得到彻底治疗，炎症反复刺激扁桃体，会使扁桃体的淋巴组织增生，进而导致扁桃体肿大。长期的炎症刺激还可能使扁桃体逐渐失去正常的免疫功能，反而成为一个潜在的病灶，反复引发身体的免疫反应。
三、其他因素影响
年龄因素： 儿童时期，尤其是3 - 10岁的儿童，扁桃体处于生长发育阶段，相对较为活跃，更容易受到各种因素影响而肿大。随着年龄增长，扁桃体可能会逐渐萎缩。而老年人由于身体机能下降，扁桃体肿大的情况相对较少，但如果有基础疾病，也可能出现肿大。生活习惯： 长期吸烟、酗酒的人，咽喉部长期受到刺激，扁桃体也容易受到影响而肿大。另外，缺乏体育锻炼、营养不良等因素会降低身体抵抗力，使扁桃体更容易受到病原体侵袭而肿大。比如一些长期伏案工作、缺乏运动的人群，相对来说扁桃体肿大的概率可能会高于经常运动的人。