扁桃体肿大主要由以下几方面原因引起。首先是感染因素，其中最常见的是细菌和病毒感染。比如A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体细菌感染导致肿大的常见病原体，这种感染比较容易在秋冬季节等人群密集时传播。而病毒感染中，像EB病毒、腺病毒等都可能引起扁桃体肿大，儿童在病毒感染高发季节更容易受影响。
感染性因素
细菌感染： 当人体抵抗力下降时，A组乙型溶血性链球菌等细菌容易侵入扁桃体，引发炎症反应，导致扁桃体充血、肿大，患者可能还会伴有咽痛、发热等症状。比如在学校等集体场所，儿童之间容易相互传播这类细菌感染。病毒感染： 像EB病毒感染，会引起传染性单核细胞增多症，其中一个明显的表现就是扁桃体肿大，同时可能伴有发热、淋巴结肿大等症状；腺病毒感染也常导致扁桃体发炎肿大，一般病程可能持续1 - 2周左右。
免疫因素
人体自身的免疫反应也可能参与扁桃体肿大的过程。当扁桃体作为免疫器官接触到病原体等异物后，免疫系统被激活，淋巴细胞等免疫细胞聚集在扁桃体部位，导致扁桃体组织增生、肿大。如果免疫反应过于强烈，就可能使扁桃体持续处于肿大状态。例如自身免疫性疾病患者，其免疫系统容易出现异常反应，可能更易发生扁桃体免疫性肿大。
邻近器官炎症蔓延
邻近器官的炎症也可能波及扁桃体导致其肿大。比如鼻腔、鼻窦的炎症，像鼻窦炎时，炎症产生的分泌物可能蔓延至咽部，刺激扁桃体，引起扁桃体肿大。还有咽部周围组织的炎症，如咽炎等，炎症扩散也可能累及扁桃体，使其出现肿大现象。比如有鼻窦炎病史的患者，相对更容易出现扁桃体肿大伴随鼻腔不适等情况。