窦性心律不齐是比较常见的心律失常，年轻人中较多见，大约有10%的青少年会出现窦性心律不齐。其造成的原因主要有以下几类：
生理因素导致
呼吸相关： 呼吸时引起的窦性心律不齐很常见。人在吸气时，迷走神经张力降低，心率会增快；呼气时，迷走神经张力增高，心率会减慢，这种呼吸性窦性心律不齐多见于青少年，一般没有不适症状，也不需要特殊治疗。自主神经功能变化： 当人体的自主神经功能发生改变时也可能引发窦性心律不齐。比如情绪激动、过度疲劳、睡眠不足等情况，都可能影响自主神经对心脏的调节，从而导致窦性心律不齐出现。像有些人熬夜后可能会发现自己心跳不太规律，这往往就和自主神经功能受影响有关。
病理因素引发
心脏疾病： 某些心脏疾病会导致窦性心律不齐。比如冠心病，当冠状动脉发生粥样硬化，引起心肌缺血缺氧时，可能影响心脏的正常电活动，从而出现窦性心律不齐；心肌炎患者在心肌受损后，心脏的传导系统可能受到影响，也容易出现窦性心律不齐的情况。全身性疾病： 一些全身性疾病也可能牵扯到心脏，导致窦性心律不齐。例如甲状腺功能亢进，患者体内甲状腺激素分泌过多，会使机体代谢加快，心脏负担加重，进而影响心脏的节律，出现窦性心律不齐；严重的电解质紊乱，像低钾血症或高钾血症等，也会干扰心脏的电生理活动，引发窦性心律不齐。
药物影响导致
某些药物作用： 有些药物会对心脏的节律产生影响，从而导致窦性心律不齐。比如使用拟交感神经药物，像肾上腺素等，可能会加快心率，引发心律不齐；而使用拟副交感神经药物，如毛果芸香碱等，可能会影响迷走神经功能，也可能导致窦性心律不齐的出现。不过一般在停药后，这种因药物引起的窦性心律不齐情况会有所改善。