非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、生殖支原体、解脲脲原体等病原体感染引起，治疗上常用抗生素。一般来说，规范使用抗生素治疗，多数患者能在较短时间内得到控制。
常用治疗药物
大环内酯类抗生素： 比如阿奇霉素，它对非淋菌性尿道炎的病原体有较好的抑制作用。四环素类抗生素： 像多西环素也是常用药物之一，能抑制病原体蛋白质合成从而发挥抗菌作用。
治疗中的注意事项
性伴侣同治： 非淋菌性尿道炎具有传染性，在治疗期间，患者的性伴侣也需要一同检查和治疗，否则容易出现交叉感染，导致病情反复。一般建议性伴侣同时接受相关检查，若确诊感染也需进行规范治疗。治疗后复查： 患者在完成治疗后，通常需要在治疗结束后1 - 2周左右进行复查，通过相关检查来判断病原体是否被彻底清除。例如进行尿道分泌物涂片检查、核酸检测等，确保病情完全治愈。
特殊人群的治疗考量
孕妇患者： 孕妇感染非淋菌性尿道炎时，用药需要特别谨慎。比如阿奇霉素相对较为安全，但也需要在医生的严格指导下使用，要充分权衡药物对孕妇和胎儿的影响，选择对胎儿影响最小的药物进行治疗。儿童患者： 儿童患非淋菌性尿道炎比较少见，但如果发生，治疗时选择药物要更加谨慎。一般会避免使用对儿童生长发育可能有较大影响的药物，会根据儿童的具体情况，在医生评估后选择合适的相对安全的抗生素进行治疗。
生活方面的辅助措施
保持个人卫生： 患者要注意保持外生殖器的清洁卫生，每天用温水清洗外阴部，勤换内裤，内裤最好经过暴晒消毒，这样可以减少病原体的滋生，有助于病情恢复。避免性行为： 在治疗期间应避免性行为，防止疾病传播给他人，同时也利于自身病情的恢复。等到完成治疗且复查确认治愈后，再恢复正常的性行为，但也要注意性生活卫生。