手足口病主要是由肠道病毒引起的，其中柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型最为常见。一般来说，5岁以下儿童是高发人群，约占发病人数的90%左右。
病毒的传播途径
通过密切接触传播： 比如接触了被病毒污染的手、毛巾、玩具、餐具等。例如，孩子在幼儿园里，如果一个小朋友感染了肠道病毒，他接触过的玩具被其他小朋友再接触，就容易被传染。通过呼吸道飞沫传播： 患者说话、咳嗽、打喷嚏时产生的飞沫中带有病毒，周围人吸入含有病毒的飞沫后可能被感染。比如在密闭的教室里，有手足口病患者，他呼出的飞沫就可能让同教室的其他孩子感染。
高发的人群特点
婴幼儿： 婴幼儿免疫系统发育还不完善，对肠道病毒的抵抗力较弱。他们的皮肤和黏膜比较娇嫩，容易接触到病毒并被感染。而且婴幼儿可能不太注意卫生，比如喜欢用手抓东西吃，或者把玩具往嘴里放，增加了感染风险。托幼机构儿童： 托幼机构人员密集，儿童之间接触频繁。一旦有一个孩子感染手足口病，很容易在短时间内传播给其他孩子。比如一个班级里有一个小朋友得了手足口病，在没有有效防护措施的情况下，可能会有多个孩子陆续发病。
感染后的发病机制
肠道病毒进入人体后，会在咽部、肠道等部位的细胞内繁殖。然后病毒会侵入血液，形成病毒血症。接着病毒会侵犯全身多个器官，如皮肤、黏膜、中枢神经系统等。在皮肤和黏膜处就会引起炎症反应，出现皮疹、疱疹等症状；如果侵犯中枢神经系统，可能会导致脑炎、脑膜炎等严重并发症。一般从感染病毒到出现症状，潜伏期通常是2 - 10天左右。