治疗肛周湿疹常用的药物有糖皮质激素类药物、钙调磷酸酶抑制剂等。一般来说，糖皮质激素类药物如氢化可的松软膏等可以较快地缓解肛周湿疹的瘙痒、炎症等症状，但连续使用不宜超过2-3周。
糖皮质激素类药物：
弱效糖皮质激素： 像氢化可的松软膏，适用于轻度肛周湿疹，能减轻炎症反应，缓解瘙痒症状。它通过抑制炎症细胞的活性来发挥作用，一般每日外用2次左右，涂抹在肛周患处。中效糖皮质激素： 如曲安奈德益康唑乳膏，对于中度的肛周湿疹有较好的疗效，兼具抗真菌和抗炎作用。使用时要注意避免长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩等不良反应。
钙调磷酸酶抑制剂：
他克莫司软膏： 属于钙调磷酸酶抑制剂，适用于不宜使用糖皮质激素的部位或面部等皮肤薄嫩处的肛周湿疹。它通过调节免疫系统来发挥作用，一般需要连续使用几周才能看到较好的效果，使用过程中可能会有局部灼热感，但多数可耐受。吡美莫司乳膏： 同样是钙调磷酸酶抑制剂，可用于2岁以上儿童及成人的肛周湿疹治疗。它的作用机制也是调节免疫，相对来说不良反应相对较少，但价格可能相对较高一些。
抗组胺药物：
口服抗组胺药： 对于瘙痒症状明显的肛周湿疹患者，可口服抗组胺药来缓解瘙痒。如氯雷他定片，一般每日口服1次，每次1片，它能通过阻断组胺受体来减轻瘙痒症状，但可能会引起嗜睡等不良反应，驾驶员等需要保持清醒的人群要注意。外用抗组胺药： 目前也有一些外用的抗组胺药物制剂用于肛周湿疹的辅助治疗，但相对来说应用不如口服和糖皮质激素、钙调磷酸酶抑制剂普遍。