肛周湿疹可以使用的药物有很多，一般来说糖皮质激素类药物较为常用，如氢化可的松乳膏，通常短期使用能快速缓解症状，一般短期应用不良反应相对较少，但长期使用可能会有皮肤萎缩等风险。
外用药物治疗
糖皮质激素类药膏： 像地奈德乳膏，它属于中效糖皮质激素，适用于轻度至中度的肛周湿疹，能减轻炎症、瘙痒和红肿，一般每日涂抹2次，使用时间不宜过长，通常不超过2-3周。还有糠酸莫米松乳膏，属于局部外用的糖皮质激素，具有抗炎、抗过敏、止痒及减少渗出作用，适用于成人及3岁以上儿童的肛周湿疹，局部外用时，取适量本品涂于患处，每日1次。钙调磷酸酶抑制剂： 比如他克莫司软膏，尤其适用于面部、颈部等皮肤薄嫩部位以及成人肛周湿疹，它可以调节局部免疫反应，缓解湿疹症状，且不会引起皮肤萎缩等不良反应，外用时，在患处皮肤涂抹一薄层，每日两次，连续使用至湿疹症状缓解。吡美莫司乳膏也是一种钙调磷酸酶抑制剂，用法用量与他克莫司软膏类似，适用于无免疫受损的2岁及2岁以上轻度至中度异位性皮炎（湿疹）患者。
口服药物治疗
抗组胺药： 氯雷他定片，可缓解肛周湿疹引起的瘙痒症状，成人及12岁以上儿童常用量为每日1次，每次10mg。盐酸西替利嗪片，适用于缓解肛周湿疹相关的瘙痒，成人和6岁以上儿童，推荐起始剂量为每日1次，每次10mg，若对疗效不满意，可增至每日1次，每次20mg。
中药外洗治疗
中药复方外洗： 常用的有黄柏、苦参、地肤子、蛇床子等中药组成的方剂。一般将这些中药煎水后，待水温适宜时进行肛周外洗，每日可洗2-3次，具有清热燥湿、祛风止痒的作用，能改善肛周湿疹的症状，但具体的中药配方需由医生根据患者的具体病情辩证后开具。在使用药物治疗肛周湿疹时，还需注意保持肛周清洁干燥，避免搔抓、热水烫洗等刺激，穿着宽松透气的内裤，饮食上也要注意避免食用辛辣、刺激性食物以及易过敏的食物等。同时，不同的患者病情不同，对药物的反应也不一样，所以具体用药应在医生的指导下进行。