泌尿感染通常是由病原体入侵泌尿系统引起的，像大肠杆菌就常是引发泌尿感染的常见病原体，约有80%的泌尿感染是由它导致的。
病原体入侵途径
尿道直接侵入： 比如不注意尿道口卫生，细菌等病原体可能顺着尿道直接进入泌尿系统。例如女性尿道口短且靠近阴道和肛门，更容易让肠道细菌侵入引发感染。血行感染： 身体其他部位有感染病灶，病原体通过血液循环到达泌尿系统引发感染。像皮肤感染、呼吸道感染等，病原体随血液流动到肾脏等泌尿系统器官，就可能导致泌尿感染。
自身防御功能下降
女性特殊生理结构： 女性尿道短而宽，长度仅约3 - 5厘米，这使得细菌更容易侵入尿道并上行感染膀胱、输尿管甚至肾脏。而且女性在经期、性生活等特殊时期，自身防御能力会有所降低，增加了泌尿感染的风险。机体免疫力低下： 当人体免疫力较差时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，身体抵御病原体的能力减弱，容易让病原体在泌尿系统滋生繁殖，引发泌尿感染。例如糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长，且自身抵抗力下降，比普通人更易发生泌尿感染。
医源性因素
导尿等操作： 进行导尿、膀胱镜检查等医疗操作时，如果操作不规范或者消毒不严格，就可能将外界的病原体带入泌尿系统，引起感染。一般来说，导尿时间越长，发生泌尿感染的概率越高，通常导尿超过3天，泌尿感染发生率可高达90%以上。泌尿系统器械检查： 像输尿管镜检查、肾盂造影等器械检查，也可能损伤尿路黏膜，为病原体入侵创造条件，从而引发泌尿感染。