肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动相关是常见原因之一，比如长时间不运动后突然进行大量运动，像连续慢跑超过30分钟，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，引起肌肉酸痛，这种酸痛通常在运动后1 - 2天较为明显。
运动相关因素
运动强度过大：当进行高强度的力量训练或者耐力训练时，肌肉会在运动过程中产生细微损伤，同时身体代谢产生的乳酸等酸性物质堆积，就容易引发肌肉酸痛。例如进行一次高强度的杠铃深蹲训练后，腿部肌肉很可能会在数小时后出现明显酸痛。运动方式不当：如果运动时姿势不正确，会使某些肌肉过度用力或受力不均，也会导致肌肉酸痛。比如跑步时脚落地姿势不对，可能会使小腿肌肉承受过多压力，引发酸痛。
疾病因素
感染性疾病：像流感等病毒感染性疾病，在感染过程中身体会产生炎症反应，同时病毒释放的毒素等物质可能会影响肌肉代谢，导致肌肉酸痛。一般流感引起的肌肉酸痛会伴随发热、乏力等症状，持续时间可能在1 - 2周左右。风湿性疾病：类风湿关节炎等风湿性疾病会累及肌肉，引起肌肉酸痛。这类疾病导致的肌肉酸痛往往是对称性的，并且可能会伴随关节肿胀、疼痛、僵硬等症状，病情容易反复。
药物因素
某些他汀类药物：部分人在服用他汀类降血脂药物后可能会出现肌肉酸痛的不良反应。据统计，大约有1% - 2%的服用他汀类药物的患者会出现不同程度的肌肉酸痛症状，但具体情况因人而异，有些人症状较轻，有些人可能较为明显。糖皮质激素：长期或大量使用糖皮质激素也可能引发肌肉酸痛。这是因为糖皮质激素会影响肌肉的蛋白质代谢等过程，导致肌肉萎缩、无力并伴随酸痛感。
其他因素
环境因素：寒冷环境下，肌肉血管收缩，血液循环不畅，也可能引起肌肉酸痛。比如在寒冷的户外长时间活动后，腿部肌肉容易出现酸痛感觉。营养缺乏：缺乏维生素D等营养物质时，也可能影响肌肉的正常功能，导致肌肉酸痛。维生素D有助于维持肌肉的正常兴奋性等，当体内维生素D不足时，就可能出现肌肉酸痛等表现。