肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动相关是常见原因之一，比如长时间不运动后突然进行大量运动，像连续运动1 - 2天左右，肌肉会产生乳酸堆积，从而导致酸痛。
运动导致的肌肉酸痛
运动强度过大：当进行高强度的无氧运动时，肌肉在短时间内缺氧，会进行无氧呼吸产生乳酸，乳酸堆积就会引起肌肉酸痛。例如进行一次持续30分钟以上的高强度力量训练后，很多人会在24 - 48小时内出现明显的肌肉酸痛感。运动时间过长：长时间的运动，如连续跑步超过1小时，也会使肌肉疲劳，代谢产物堆积，引发酸痛。
疾病因素导致的肌肉酸痛
感染性疾病：流感等病毒感染性疾病可能会伴随肌肉酸痛的症状。在流感发病期间，除了发热、咳嗽等症状外，约有30% - 50%的患者会出现全身肌肉酸痛，尤其是四肢肌肉。自身免疫性疾病：像类风湿关节炎，患者会出现对称性的关节疼痛，同时也常伴有肌肉酸痛的表现。这类疾病是由于自身免疫系统攻击关节和肌肉组织引起的。
其他因素导致的肌肉酸痛
药物副作用：某些药物服用后可能会有肌肉酸痛的副作用，例如他汀类药物，它用于降低血脂，但有大约5% - 10%的患者在服用过程中会出现肌肉酸痛的情况，表现为肌肉无力、酸痛等症状。营养缺乏：缺乏维生素D时也可能导致肌肉酸痛。维生素D有助于维持肌肉的正常功能，成年人每天需要摄入400 - 800国际单位的维生素D，如果长期摄入不足，就可能影响肌肉健康，引发酸痛。