肝上有小囊肿多数是先天性因素导致的，比如在胚胎发育时期，胆管异常发育就可能形成小囊肿，这种情况比较常见，据统计，先天性肝囊肿在人群中的发生率有一定比例。
先天性发育异常因素
胚胎期胆管发育异常： 在胎儿发育的早期，胆管系统的一些小结构出现异常分化，就可能逐渐形成单个或多个小的囊肿。这种发育上的偶然差错比较常见，一般不会一开始就有明显症状。遗传因素影响： 虽然不是绝对的遗传疾病，但有一定的家族易感性，如果家族中有肝囊肿病史，那么个体出现肝上小囊肿的几率可能会相对高一些，但也不是必然会发病。
退行性改变相关因素
肝组织退行性变： 随着年龄增长，肝脏组织会出现一定程度的退行性变化。比如肝脏内的一些小胆管逐渐发生堵塞，胆汁淤积，就可能形成小的囊肿。通常40岁以上人群相对更易出现因退行性改变导致的肝小囊肿。局部血管因素影响： 肝脏局部的血管分布出现微小变化，可能影响到局部肝组织的营养供应和代谢，进而导致局部组织形成小囊肿。这种情况在一些长期有不良生活习惯，如长期酗酒等人群中可能更易发生，因为酗酒会影响肝脏的正常代谢和血管状态。
炎症相关因素
慢性炎症刺激： 肝脏曾经有过慢性炎症，比如慢性乙型肝炎等疾病，如果炎症长期存在，就可能刺激肝脏组织，导致局部出现小囊肿。据研究，有慢性肝病基础的人群，肝上出现小囊肿的概率比健康人群要高一些。局部感染后的修复： 肝脏局部曾经有过轻微感染，在修复过程中可能出现组织的异常增生和包裹，形成小囊肿。比如曾经有过轻微的肝内胆管炎，在修复后有可能遗留小囊肿。