肾积水的治疗需根据病因、病情严重程度等因素来定。一般来说，轻度肾积水可能先观察，中重度肾积水多需手术等干预。
病因治疗
尿路结石导致的肾积水： 如果是较小的尿路结石，可通过大量饮水，每天保证2000毫升以上的饮水量，有可能让结石随尿液排出。而较大的结石则可能需要体外冲击波碎石，利用高能冲击波聚焦后击碎结石，让其排出，通常单次碎石成功率有一定比例，但需根据结石具体情况而定。先天性肾盂输尿管连接部狭窄引起的肾积水： 多需要手术治疗，通过整形手术来恢复尿路的通畅，解除梗阻。
引流治疗
肾造瘘术： 对于病情较严重、身体状况较差不能耐受复杂手术的患者，可先进行肾造瘘术，通过在腰部插入导管，将尿液引流出来，缓解肾积水对肾脏的压迫。一般操作相对简单，能快速改善肾脏功能，但这只是暂时的缓解措施，后续可能还需要进一步处理原发病。输尿管支架置入术： 如果是输尿管部位有梗阻，可通过内镜等手段置入输尿管支架，撑开梗阻部位，让尿液顺利通过，引流尿液，改善肾积水情况。这种方法相对微创，恢复较快。
保守观察情况
轻度无症状肾积水： 如果是体检发现的轻度肾积水，且没有任何不适症状，肾功能也正常，可定期复查，一般建议每3 - 6个月做一次泌尿系统超声检查，观察肾积水的变化情况。如果肾积水没有进展，可能长期处于稳定状态。但如果是妊娠期出现的轻度肾积水，多数是生理性的，生产后多可自行恢复，也需要定期监测。