3岁宝宝发烧达39℃属于高热，需进行退热处理以缓解不适，具体如下：
一、监测体温：依据宝宝症状表现来决定。若宝宝没有任何不适，精神反应良好，吃喝、玩耍都未受影响，那就可不做特殊处理，继续观察并让宝宝多喝水，同时监测体温。
二、药物治疗：当宝宝有明显不适，如情绪不佳、精神反应差时，要及时给予退热药帮助退烧。对于宝宝较安全的退热药主要有乙酰氨基酚和布洛芬，需根据宝宝体重计算药物用量，同时让宝宝多喝水，这有助于体温下降和用药安全。
三、物理降温：可采用此方式，但不太推荐，需考虑宝宝的接受度。若宝宝愿意接受，可进行温水擦浴、贴退热贴或调整环境温度等帮助降低体温。若宝宝不愿意接受，最好不要强迫使用，毕竟物理降温无法达到根本的退热效果，若因物理降温让宝宝明显不适，那就得不偿失了。
总之，对于3岁宝宝39℃的高热情况，要综合考虑宝宝的具体表现，选择合适的处理方法，以保障宝宝的健康和舒适。同时，要密切关注宝宝的状态变化，如有异常应及时就医。