早上跑和晚上跑各有特点。一般来说，早上跑如果能保证空腹状态，经过一夜的代谢，身体在运动时能更多地利用脂肪供能，但早上可能存在空气污染物相对较多的情况；晚上跑则可能更利于放松一天的紧张情绪，不过饭后不宜立刻跑步，最好饭后1 - 2小时再进行。
从能量消耗角度
清晨空腹跑步：经过一夜的睡眠，身体内的糖原储备相对较少，此时跑步时身体会更多地动用脂肪来提供能量，对于想要减脂的人来说，可能有一定优势。但要注意，早上人体的血压和心率相对不稳定，尤其是有心血管基础疾病的人，需要谨慎。比如一些研究发现，清晨空腹跑步时，脂肪氧化率可能比饭后运动时高约10%左右。傍晚或晚上跑步：经过一天的活动，身体的血液循环相对更顺畅，关节的灵活性也较好。而且晚上人体的体温相对较高，肌肉的弹性和伸展性更好，能降低运动损伤的风险。不过晚上跑步后不要立刻睡觉，最好等心率恢复到相对平稳状态再休息，一般建议饭后1 - 2小时进行跑步运动，此时肠胃消化了一部分食物，运动时相对舒适些。
从空气质量方面
早晨跑步：早晨植物经过一夜的呼吸作用，释放二氧化碳，而且城市中的汽车尾气等污染物在早晨浓度相对较高。有研究表明，在一些城市环境中，早晨6 - 8点之间，空气中的PM2.5等污染物浓度可能达到一天中的一个高峰值，长期在这样的环境中跑步可能会吸入较多污染物，影响呼吸道健康。傍晚跑步：傍晚时分，植物经过一天的光合作用，释放氧气较多，而且经过一天的通风，城市中的污染物有所稀释。不过如果是在交通繁忙的路段附近跑步，傍晚时分车流量大，尾气排放也较多，需要选择空气相对清新的公园等场所跑步。
从个人作息适应角度
早上跑步：如果习惯早上跑步，能让人迅速进入状态，开启活力满满的一天，有助于提高一天的精神状态和代谢水平。但对于习惯晚睡的人来说，早上早起跑步可能会比较困难，容易导致睡眠不足，影响身体健康。晚上跑步：晚上跑步适合那些白天工作较忙，没有时间运动的人，能帮助他们放松身心，缓解一天的压力。不过如果跑步时间过晚，可能会兴奋神经，导致难以入睡，影响睡眠质量。所以晚上跑步最好在睡前2 - 3小时完成，给身体足够的时间恢复平静。