40天婴儿发烧的处理办法包括物理退烧、药物退烧以及抗感染治疗。
一、物理退烧：如果婴儿发烧温度不高，处于38.5℃以下，应优先考虑采用物理降温方法。
1.可以用大约40℃的温水为婴儿进行擦浴。
2.适当减少患儿的衣物和被褥，保持宽松状态。
3.敞开门窗，加强通风，降低环境温度。
4.使用专门的婴幼儿退烧贴来帮助降温。
5.要多给患儿喝水，以增加孩子的排尿，通过排尿来降低体温。
二、药物退烧：当患儿发烧温度较高，体温在38.5℃以上时，则需要服用婴幼儿退烧药来进行退烧，比如对乙酰氨基酚混悬滴剂等。
三、抗感染治疗：要是患儿发烧温度高且出现反复的情况，退烧后又再次发烧，这时就需要及时前往医院就医，检查是否存在病毒或细菌感染。如果是病毒性感染，可以服用抗病毒药物；若是细菌性感染，则要服用头孢或阿莫西林等抗生素药物。总之，对于婴儿发烧，首先要给患儿测量体温，发烧温度在38.5℃以下的，可先尝试擦浴、使用退烧贴、减少衣物等物理办法来降温，高于38.5℃就需要服用退烧药，对于反复发烧的患儿一定要及时就医，明确是否有感染。
总结：40天婴儿发烧后可根据具体体温情况选择物理或药物退烧方式，若发烧反复则需就医确定是否存在感染并进行相应治疗。