无痛性口腔溃疡的病因较多。一般来说，免疫力低下是常见因素之一，比如当人体处于疲劳状态、患有某些慢性疾病时，免疫力下降，就容易引发无痛性口腔溃疡，有研究显示约30%的人会因免疫力短期波动出现此类情况。
一、局部创伤因素
口腔内残根残冠刺激： 口腔里如果有尖锐的残根或者边缘不光滑的残冠，长期摩擦口腔黏膜，就可能导致无痛性口腔溃疡。比如有的患者牙齿拔除后，残根未处理干净，长时间刺激周围组织。不良咬合关系： 不正常的咬合关系，像牙齿错位、偏侧咀嚼等，会使口腔黏膜反复受到摩擦，进而引发无痛性口腔溃疡。例如长期偏侧咀嚼的人，单侧口腔黏膜更容易出现这类问题。
二、系统疾病相关因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡等消化系统疾病时，可能会伴有无痛性口腔溃疡。研究发现，约40%的口腔溃疡患者存在消化道功能紊乱的情况，像幽门螺杆菌感染可能就与口腔溃疡的发生有关联。内分泌紊乱： 女性在月经周期、妊娠期等特殊时期，体内内分泌发生变化，容易出现无痛性口腔溃疡。比如有些女性在月经前，体内激素水平改变，就可能诱发口腔溃疡。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，容易引发无痛性口腔溃疡。比如长期饮食不均衡，挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，从而增加患口腔溃疡的风险。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素时，也可能导致无痛性口腔溃疡。例如锌元素参与人体多种代谢过程，缺乏锌会影响细胞的正常修复等功能，进而引发口腔溃疡。