嘴巴溃疡的原因有多种，其中复发性阿弗他溃疡较为常见，据统计，人群中约10% - 25%的人会患有这种溃疡。
局部创伤因素
口腔咬伤： 比如在吃饭说话时不小心咬到口腔黏膜，就容易引发溃疡，这种情况常出现在咀嚼比较快、注意力不集中的人群中。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等会持续摩擦口腔黏膜，长期刺激就可能导致溃疡发生，尤其是佩戴假牙时间较长的人群更易出现。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等时，容易诱发嘴巴溃疡。例如长期挑食、偏食的人，很可能因为摄入这类维生素不足而出现溃疡，一般这类人群在青少年中相对多见。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与嘴巴溃疡有关。如果日常饮食中摄入富含锌、铁的食物过少，就会增加溃疡的发生风险，一些素食者就可能面临这类微量元素缺乏的问题。
免疫系统因素
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现异常时，会攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发溃疡。比如患有自身免疫性疾病的人，如白塞病患者，嘴巴溃疡就是常见的症状之一，这类疾病在中青年人群中时有发生。免疫力低下： 当身体免疫力低下时，如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，就容易受到病原体的侵袭，进而引发嘴巴溃疡。长期熬夜的人群，比如一些经常加班的上班族，就比较容易出现嘴巴溃疡的情况。