一次胚胎停育的原因较多，其中染色体异常是常见因素，约占50%~60%的早期胚胎停育与胚胎染色体异常有关，包括数目异常和结构异常。
母体因素
内分泌异常： 如黄体功能不全，约占35%。女性体内孕激素分泌不足，会影响胚胎着床和发育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能导致胚胎停育，临床发现约10%~15%的胚胎停育与甲状腺功能异常相关。生殖系统解剖异常： 子宫畸形是常见情况，像单角子宫、双角子宫等，会影响子宫内环境，不利于胚胎生长。宫腔粘连也会有影响，宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，阻碍胚胎着床和发育，据统计约5%~15%的胚胎停育与宫腔粘连有关。
父亲因素
精子染色体异常： 男性精子染色体异常也可能导致胚胎停育，虽然相对母体因素占比低，但也有一定影响，约10%~20%的胚胎停育与精子染色体异常相关。
免疫因素
自身免疫异常： 存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内会产生异常抗体，攻击胎盘滋养细胞，影响胎盘血供，导致胚胎停育。约10%~20%的胚胎停育与自身免疫异常有关。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受异常，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，也会引起胚胎停育，此类情况约占10%~20%。