指甲上有凹陷小坑的原因包括生理性因素和病理性因素：
一、生理性因素
外伤、长期美甲等可能导致指甲损伤，出现凹陷小坑。对于这种情况，要尽量避免对患处的刺激，做好指甲的护理工作。比如避免再次受到外伤碰撞，减少美甲的次数或停止美甲，让指甲有时间慢慢恢复正常状态。
二、病理性因素
1.营养不良：
当人体营养不良时，指甲可能会因缺乏营养而出现凹陷小坑。此时可在医生指导下应用碳酸钙颗粒、维生素片等药物来改善。在日常生活中，务必保证营养摄入的均衡，多食用富含各种营养素的食物，如蛋白质丰富的肉类、蛋类、奶类，以及富含维生素和矿物质的蔬菜、水果等。
2.银屑病：
银屑病是一种慢性鳞屑性皮肤病，也可能引起指甲上有凹陷小坑。可在医生指导下应用他扎罗汀凝胶、卡泊三醇软膏等药物进行治疗。日常要尽量保持患处的清洁与干燥，避免搔抓等刺激，以防止病情加重。
总之，引起指甲上有凹陷小坑的因素较多，若出现这种情况，应及时前往医院明确诊断，然后在医生指导下进行针对性的治疗。