扁平苔藓的治疗需综合多种方式，目前并没有绝对意义上“最好”的单一治疗办法，通常可从药物治疗、局部治疗、全身治疗等方面入手。一般来说，药物治疗是重要手段之一。
药物治疗常见药物
糖皮质激素： 是常用药物，如泼尼松等，可通过抗炎等作用缓解扁平苔藓症状。它能抑制免疫反应，减轻炎症带来的红肿、瘙痒等表现。维A酸类药物： 像维A酸乳膏等局部外用维A酸类药物，可改善上皮过度角化等情况。
局部治疗方式
局部涂抹药物： 对于口腔扁平苔藓等情况，可局部涂抹糖皮质激素软膏，如曲安奈德口腔软膏等，能直接作用于病变局部，减轻炎症。激光治疗： 对于某些局限性的扁平苔藓皮损，可采用激光治疗，通过激光的能量破坏病变组织，促进恢复，但要注意选择合适的激光参数等。
全身治疗考量
免疫调节剂： 当病情较为严重或反复发作时，可能会使用免疫调节剂，如转移因子等。转移因子可以调节机体免疫功能，帮助机体对抗疾病，但使用时需在医生评估下进行。中药治疗： 一些中药也可用于扁平苔藓的治疗，比如一些具有清热利湿、活血化瘀等功效的中药方剂，但中药治疗需在专业中医的辨证论治下进行，根据患者具体病情用药。同时，患者在治疗过程中要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物等，若有精神紧张等情况，还需注意调节心理状态，因为精神因素也可能影响扁平苔藓的病情。例如，精神压力过大可能会导致病情加重或复发。