新生儿贫血的原因较多，其中常见的是红细胞生成减少，比如胎儿期从母体获取铁不足，若孕晚期母亲缺铁，可能导致新生儿体内铁储备不足，约有1/3的足月儿和更多早产儿存在这种情况；还有红细胞破坏过多，像母婴血型不合引起的溶血，ABO血型不合较为常见，约占新生儿溶血的85%左右；另外，失血也是一个原因，比如胎儿-母体输血，或者双胎之间输血等。
红细胞生成减少相关原因
胎儿期铁储备不足： 如果孕妇在孕期缺铁，那么胎儿从母体获取铁的量就会减少。一般来说，足月儿体内铁储备可供生后4 - 5个月造血所用，早产儿铁储备更少，生后更早出现贫血。促红细胞生成素不足： 一些疾病可能导致胎儿促红细胞生成素产生减少，比如胎儿有心血管畸形等情况，会影响促红细胞生成素分泌，进而影响红细胞生成。
红细胞破坏过多相关原因
母婴血型不合溶血： ABO血型不合时，母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型，母亲体内的抗A或抗B抗体可通过胎盘进入胎儿体内，引起红细胞破坏。除了ABO血型不合，Rh血型不合也会导致溶血，但相对ABO血型不合发生率低一些。红细胞酶缺陷： 新生儿红细胞内某些酶缺乏，比如葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶（G - 6 - PD）缺陷，当新生儿接触氧化剂类药物、食物等，就容易引发红细胞破坏增加，导致贫血。
失血导致的贫血
胎儿 - 母体输血： 在分娩过程中，胎儿血液可能会通过胎盘进入母体循环，导致胎儿失血。这种情况的出血量如果较多，就会引起新生儿贫血。双胎输血综合征： 单绒毛膜双胎中，两个胎儿之间存在血液循环交通，可发生血液从一个胎儿向另一个胎儿转移，导致受血儿血容量增多，供血儿血容量减少，供血儿就会出现贫血。