肾结石形成的原因有多种。一般来说，尿液中某些物质浓度过高是关键因素之一，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成结石。
代谢异常方面
尿液中成分比例失衡：人体正常代谢过程中，如果尿液里钙的排泄量增多，就可能增加肾结石形成风险。像原发性甲状旁腺功能亢进患者，会出现高钙血症，进而使尿钙排出增多。还有当体内尿酸生成过多或者尿酸排泄减少时，血尿酸增高，尿尿酸排泄也增加，容易形成尿酸结石。另外，草酸代谢异常，若体内草酸产生过多或者肾脏排泄草酸减少，尿液中草酸浓度升高，也易形成草酸钙结石，比如一些人大量摄入富含草酸的食物，像菠菜、苋菜等，就可能影响尿液中草酸水平。
局部因素方面
尿路梗阻：当尿路存在梗阻情况时，尿液排出不畅，会导致尿液中一些晶体物质沉积。例如肾盂输尿管连接处狭窄、输尿管结石等都会引起尿路梗阻，使得尿液停滞，晶体物质更容易析出形成结石。而且尿路梗阻还会使肾脏积水，进一步损害肾功能，同时又加重梗阻，形成恶性循环。感染因素：尿路感染时，细菌、坏死组织等可作为核心，促使晶体沉积。比如变形杆菌、葡萄球菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵、磷酸钙等沉淀形成结石。而且感染还会改变尿液的成分和酸碱度，为结石形成创造条件。
生活方式方面
饮水不足：如果每天饮水量过少，尿液就会浓缩，导致尿液中各种晶体物质的浓度升高，容易析出形成结石。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，而饮水不足的人患肾结石风险会增加。饮食不均衡：长期摄入高嘌呤食物，像动物内脏、海鲜等，会使尿酸生成增多；长期摄入高草酸食物，如菠菜、坚果等，会导致尿液中草酸含量升高，这些都会增加肾结石形成几率。另外，长期高蛋白、高糖饮食也可能影响尿液成分，增加结石形成风险。