口舌生疮可以根据不同病因选择合适药物，一般局部用药为主，比如西瓜霜含片等，通常使用后1 - 2天能看到一定改善。
局部外用药
口腔溃疡散： 这是常用的局部外用药，它能起到清热敛疮的作用。直接将药粉涂抹在口舌生疮的部位，一般每天使用2 - 3次，能缓解疼痛，促进创面愈合。冰硼散： 同样是局部外用，有清热解毒、消肿止痛的功效。用药时取适量吹敷在疮面上，一日可以用数次，对于口舌生疮引起的疼痛有较好的缓解作用，但儿童使用时要格外小心，避免误吸。
维生素类药物
维生素B2： 如果口舌生疮是由于缺乏维生素B2引起的，可以补充维生素B2。一般成年人每天可以服用3 - 5毫克，分2 - 3次服用。它能参与体内的生物氧化与能量代谢等过程，帮助维持黏膜的正常代谢，促进口舌生疮的愈合。不过长期大量服用可能会有不良反应，所以要遵医嘱使用。复合维生素B： 里面含有多种B族维生素，对于因B族维生素缺乏导致的口舌生疮有一定的治疗作用。一般成人一次服用1 - 3片，一日3次。它可以全面补充身体所需的B族维生素，改善机体的代谢功能，有助于口舌生疮的恢复。
清热解毒类中成药
牛黄解毒片： 具有清热解毒的作用，对于火热内盛引起的口舌生疮、牙龈肿痛等有一定疗效。一般一次服用3片，一日2 - 3次。但孕妇禁止服用，而且长期大量服用可能会引起不良反应，如腹泻、腹痛等，所以不能自行长期服用。黄连上清丸： 能清热通便、散风止痛，适用于上焦风热所致的口舌生疮、咽喉肿痛等。成人一次服用1 - 2丸，一日2次。不过脾胃虚寒者禁用，在服用期间要忌烟、酒及辛辣食物。