怀孕50天流褐色分泌物可能与以下因素有关：
一、先兆流产：
1.原因较为复杂，可能和黄体酮水平、甲状腺激素水平等有关。
2.患者除流褐色分泌物外，可能还伴有下腹坠痛、胀痛等症状。
3.建议患者应立即前往医院，遵医嘱使用黄体酮、丙硫氧嘧啶等药物进行干预。
二、子宫内膜脱落：
1.因个体差异，部分女性怀孕后卵巢分泌的性激素尤其是孕激素水平较低，致使一小部分子宫内膜仍继续脱落。
2.临床检查就会发现有流褐色分泌物现象。
三、宫外孕：
1.宫外孕指孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程。
2.常有不规则阴道出血，色暗红、量少、淋漓不尽等情况，一般不超月经量，可随阴道出血排出蜕膜管型或碎片，临床检查可见流褐色分泌物。
怀孕50天流褐色分泌物还可能存在其他原因，患者应及时前往医院，根据医嘱进行对症处理。总之，当出现这种情况时，要及时就医，明确原因，以便采取恰当的措施。