巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。通常，约1/3的患者可能没有明显症状，但多数患者会出现以下症状。
一、盆腔疼痛表现
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状，多为继发性痛经，且呈进行性加重。也就是说，患者原本可能没有痛经或者痛经较轻，随着病情发展，痛经会越来越严重，疼痛往往从月经前1 - 2天开始，持续整个经期。慢性盆腔痛： 部分患者会出现慢性的盆腔疼痛，这种疼痛可能在非经期也会存在，并且会影响患者的日常生活和工作，比如导致患者行走、久坐等活动受限。
二、月经异常表现
月经量增多： 患者的月经量可能比正常情况增多，表现为月经周期基本正常，但每次月经的出血量明显多于以往。月经周期紊乱： 还可能出现月经周期提前或者推迟的情况，月经周期的时长不再规律，有的患者可能提前5 - 10天，有的则推迟1 - 2周等。
三、不孕相关表现
不孕： 巧克力囊肿可能会影响受孕，据统计，患有巧克力囊肿的女性不孕的发生率相对较高。这是因为囊肿会影响卵巢的正常排卵功能，还可能影响输卵管的通畅性，进而阻碍精子和卵子的结合以及受精卵的着床。性交疼痛： 在性生活时，部分患者可能会出现疼痛，尤其是在月经前期，这种疼痛会比较明显，从而影响夫妻性生活质量。
四、其他表现
腹部包块： 有些患者自己可以在下腹部摸到包块，尤其是在月经后半期，囊肿可能会增大，包块会更加明显。不过，包块的大小因人而异，有的可能较小，自己不易察觉，有的则可能较大。肠道症状： 如果巧克力囊肿累及肠道，患者可能会出现排便疼痛、便秘或者腹泻等肠道症状，比如在排便时会感到下腹部疼痛不适，或者出现大便次数的改变等。