巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。一般来说，约1/3的患者可能没有明显症状，而有症状的患者主要表现为以下几方面：
月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。也就是说，以前来月经时可能不痛或者痛得较轻，随着病情发展，疼痛会越来越严重，有的患者从月经前1 - 2天就开始出现疼痛，一直持续到整个经期结束。月经失调： 患者可能出现月经量增多、月经周期紊乱等情况。比如原本月经周期很规律，28 - 30天一次，现在可能变成提前或者推迟，月经量也比以往明显增多。
盆腔疼痛症状
盆腔隐痛： 在非经期也可能出现盆腔部位的隐痛，尤其是在性生活时或者进行妇科检查时，这种隐痛可能会加重。性交疼痛： 当进行性生活时，由于盆腔内器官受到刺激，会出现明显的疼痛，这会对患者的性生活质量产生较大影响。
其他相关症状
不孕： 巧克力囊肿可能会影响卵巢的正常功能以及输卵管的通畅性，从而导致不孕。据统计，患有巧克力囊肿的女性中，约有50%左右可能会出现不孕的情况。腹部不适： 部分患者可能会感觉下腹部有坠胀感或者不适感，有的还可能伴有腰酸等症状。如果囊肿较大，还可能在腹部摸到包块。