头皮毛囊炎的治疗方法需综合考虑，一般可通过局部治疗、全身治疗等方式来改善，其中局部治疗常用药物有莫匹罗星软膏等。通常轻度头皮毛囊炎通过规范治疗，几周内可逐渐好转。
局部治疗常用药物
莫匹罗星软膏： 这是一种外用抗生素，能抑制细菌的生长繁殖，对于细菌感染引起的头皮毛囊炎有较好的效果。它可以直接涂抹在头皮患处，每天使用2 - 3次。碘伏： 具有消毒杀菌的作用，用棉签蘸取碘伏后涂抹在头皮毛囊炎的部位，能够帮助杀灭局部的病菌，防止感染进一步扩散，一般每天可涂抹2 - 3次。
全身治疗适用情况
严重感染时： 当头皮毛囊炎病情较为严重，出现大面积感染、发热等全身症状时，可能需要全身使用抗生素。比如头孢类抗生素，它可以通过血液循环到达全身，发挥抗菌作用来控制感染。但使用头孢类抗生素前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。
日常护理要点
保持头皮清洁： 要经常洗头，建议使用温和的洗发水，保持头皮的清洁卫生，这样可以减少污垢和病菌在头皮上的堆积，一般建议每周洗头2 - 3次。洗头时要注意用指腹轻轻按摩头皮，而不要用指甲用力搔抓，以免抓破头皮加重感染。调整生活方式： 要保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠时间，良好的睡眠有助于提高身体的免疫力，利于病情恢复。同时，要注意饮食均衡，多吃蔬菜水果，少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，因为这些食物可能会加重头皮油脂分泌，从而加重毛囊炎的症状。