萎缩性胃炎的治疗药物需根据具体情况选择，一般会用到抑制胃酸分泌药、胃黏膜保护剂等。比如常用的抑制胃酸分泌药有质子泵抑制剂，像奥美拉唑等，这类药物能减少胃酸对胃黏膜的刺激，通常能在临床中广泛应用。
抑制胃酸分泌类药物
质子泵抑制剂：这类药物能高效抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑，它可以通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减轻胃酸对萎缩胃黏膜的刺激。一般来说，其疗效较为确切，能有效缓解因胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，作用相对质子泵抑制剂稍弱，但也可用于萎缩性胃炎伴有胃酸分泌增多的情况，对缓解相关症状有一定帮助。
胃黏膜保护剂
铋剂：像枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、胃蛋白酶等对胃黏膜的侵蚀，同时还能杀灭幽门螺杆菌，对萎缩性胃炎的治疗有一定作用，能促进胃黏膜的修复。铝碳酸镁：它能中和胃酸，还可以吸附胆汁，保护胃黏膜免受胆汁等物质的损伤，对于缓解萎缩性胃炎患者的上腹部不适、腹胀等症状有一定效果，服用后能快速发挥作用。
促进胃动力药物
多潘立酮：如果萎缩性胃炎患者伴有消化不良、胃胀等症状，多潘立酮可以促进胃肠蠕动，加快胃内食物的排空，改善患者的消化功能，缓解腹胀等不适。一般来说，它能在较短时间内起效，帮助患者恢复胃肠正常的运动功能。莫沙必利：也是一种常用的促胃肠动力药，它通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-HT₄受体，促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，从而改善消化不良症状，对萎缩性胃炎伴有胃肠动力不足的患者适用。