萎缩性胃炎的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般常用药物包括抑酸剂、胃黏膜保护剂等。例如，质子泵抑制剂是常用的抑酸剂，像奥美拉唑等，可抑制胃酸分泌，一般能在一定程度上缓解症状，但具体哪种药最好要根据患者个体差异来定。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强力抑制胃酸分泌，比如奥美拉唑，它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减少胃酸对胃黏膜的刺激。一般适用于胃酸分泌过多导致胃痛、反酸等症状的萎缩性胃炎患者。H₂受体拮抗剂：像雷尼替丁，它能选择性地阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，作用相对质子泵抑制剂稍弱，但也能缓解因胃酸引起的不适，对于轻中度胃酸分泌增多的萎缩性胃炎有一定疗效。
胃黏膜保护剂类药物
铋剂：常见的有枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、幽门螺杆菌等对胃黏膜的侵袭，促进胃黏膜的修复，常用于伴有幽门螺杆菌感染或胃黏膜损伤较明显的萎缩性胃炎患者。铝碳酸镁：能中和胃酸，同时还可以吸附胆汁，保护胃黏膜，对于缓解萎缩性胃炎患者的胃胀、胃痛、烧心等症状有帮助，它可以快速缓解症状，而且副作用相对较小。
针对幽门螺杆菌感染的药物
如果萎缩性胃炎是由幽门螺杆菌感染引起的，通常需要进行四联疗法，即质子泵抑制剂+铋剂+两种抗生素。比如质子泵抑制剂选用奥美拉唑，铋剂选用枸橼酸铋钾，抗生素可以选择阿莫西林和克拉霉素等。不过具体的抗生素选择要根据患者的过敏史等情况来定，因为要避免使用患者过敏的抗生素，而且四联疗法需要严格按照疗程服用，一般疗程为10 - 14天，以彻底清除幽门螺杆菌，从而改善萎缩性胃炎的病情。