阴茎根部痛可能是由阴茎根部囊肿、前列腺炎或泌尿系统结石等引起。具体如下：
一、阴茎根部囊肿：当阴茎根部出现囊肿增生时，会引发阴茎根部产生剧烈疼痛。这时需要及时前往医院进行泌尿系统的B超检查。根据具体检查结果来选择适宜的治疗方式。比如，若囊肿较小且无其他特殊情况，可能定期观察即可；若囊肿较大或有其他不良影响，则可能需采取手术等方式进行处理。
二、前列腺炎：局部受到细菌感染后会出现前列腺炎，从而导致阴茎根部有放射性疼痛。需要在医生指导下及时口服抗生素药物进行治疗，常见的有青霉素、左氧氟沙星等，以消除局部炎症。同时，患者在治疗期间要注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于病情的恢复。
三、泌尿系统结石：泌尿系统出现的结石会造成局部堵塞，进而使根部出现疼痛症状，同时还会伴有排尿困难等表现。建议先进行局部检查，依据检查结果采用体外冲击波碎石等治疗方法。
总之，如果阴茎根部出现疼痛现象，一定要及时到医院就诊，通过医生的详细检查，在明确病因后进行针对性治疗。