细菌性阴炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，阴道内乳杆菌减少，加德纳菌及厌氧菌等增多所致。正常情况下，阴道内有多种微生物，它们保持平衡状态，当这种平衡被打破，就容易引发细菌性阴炎。
阴道菌群失衡引发
正常阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势。当阴道内环境改变，比如长期使用抗生素，会抑制乳杆菌生长，同时使其他病菌大量繁殖；还有频繁性交、阴道灌洗等，也会破坏阴道的酸性环境，导致阴道菌群失调，从而引发细菌性阴炎。例如，长期使用广谱抗生素的女性，患细菌性阴炎的风险会明显增加。
局部卫生状况不佳
不注意外阴清洁卫生，比如不经常更换内裤、不清洗外阴等，会使细菌容易在阴道内滋生。女性外阴与尿道、肛门临近，局部潮湿，若不注意卫生，细菌很容易侵入阴道引发感染。像一些卫生习惯较差的女性，就更易受到细菌性阴炎的困扰。
性生活相关因素影响
多个性伴侣或者新的性伴侣，都可能增加细菌性阴炎的发生几率。因为不同性伴侣带来的病菌可能不同，容易打破阴道原有的菌群平衡。另外，性交时的摩擦等也可能对阴道黏膜造成一定损伤，为细菌入侵创造条件。比如有多个性伴侣的女性，相比单一性伴侣的女性，患细菌性阴炎的可能性要高很多。
其他潜在因素作用
一些全身性疾病，如糖尿病，会使阴道内糖原含量增加，酸度增高，有利于念珠菌等病菌生长，同时也容易并发细菌性阴炎。还有一些免疫系统功能低下的人群，自身抵抗力差，也更容易受到细菌感染引发细菌性阴炎。例如糖尿病患者如果血糖控制不佳，就比较容易反复出现细菌性阴炎的情况。