细菌性阴道炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，阴道内乳杆菌减少、加德纳菌及其他厌氧菌增多所致。据统计，约10% - 50%的细菌性阴道炎患者没有明显症状。
阴道菌群失衡是主因
阴道正常菌群： 阴道内存在多种微生物，其中乳杆菌是优势菌，它能保持阴道的酸性环境（pH值通常在3.8 - 4.4），抑制其他病菌生长。当阴道内环境改变，比如长期使用抗生素、经常用洗液冲洗阴道等，就会破坏这种菌群平衡。厌氧菌过度繁殖： 当乳杆菌数量减少时，加德纳菌、动弯杆菌等厌氧菌就会大量繁殖，引发炎症反应。比如长期滥用抗生素，会杀灭乳杆菌，同时让厌氧菌有机会大量滋生，从而导致细菌性阴道炎。
性生活与卫生习惯相关
性生活影响： 多个性伴侣或者新的性伴侣，会增加细菌性阴道炎的发病风险。因为不同性伴侣的精液等会改变阴道内的菌群环境，使得阴道菌群平衡被打破，容易引发感染。比如有研究发现，有多个性伴侣的女性患细菌性阴道炎的几率比单一性伴侣的女性高很多。卫生习惯问题： 不注意外阴清洁，内裤更换不勤，也可能诱发细菌性阴道炎。比如内裤长时间不换，会滋生细菌，增加阴道感染的机会。另外，使用不洁的卫生用品，像质量差的卫生巾等，也会破坏阴道的正常菌群，引发炎症。
其他因素也有影响
年龄因素： 育龄女性相对更容易得细菌性阴道炎，这是因为育龄期女性阴道的生理环境比较活跃，激素水平变化等因素更易导致菌群失调。而绝经后的女性，由于雌激素水平降低，阴道黏膜变薄，抵抗力下降，也可能出现细菌性阴道炎，但相对育龄期女性几率稍低。免疫系统状况： 当人体免疫系统功能下降时，比如患有糖尿病等疾病，阴道局部的抵抗力会降低，容易受到细菌感染引发细菌性阴道炎。例如糖尿病患者血糖控制不佳时，阴道内糖原含量升高，适合厌氧菌生长，就容易发生细菌性阴道炎。