射精时肾疼，主要原因包括肾部受到牵拉以及感染因素。
一、肾部受到牵拉：在射精时，尿道周围的肌肉组织往往会出现收缩现象。如果这种收缩牵拉到肾脏部位，就可能引发肾部轻微疼痛的状况。不过，通常在休息后这种疼痛会逐渐缓解，一般无需特别担忧。
二、感染因素：在同房后若不注重个人卫生，致使细菌侵入体内，便会产生感染。这会导致出现尿频、尿痛等症状，同时还会引起射精时肾疼的表现。如果出现这种情况，建议及时前往医院就诊，以防病情进一步恶化。
总之，射精时肾疼可能是由肾部牵拉或感染等因素引起，当出现此类症状时应重视并及时就医处理。