宫外孕一般是由多种因素引起的。据统计，输卵管因素是导致宫外孕最常见的原因，比如输卵管炎症，包括输卵管黏膜炎和输卵管周围炎，黏膜炎严重时可引起管腔完全堵塞导致不孕，轻者管腔变窄或纤毛功能受损，影响受精卵在输卵管内的正常运行，导致着床位置异常引发宫外孕；输卵管发育不良或功能异常，如输卵管过长、肌层发育差、黏膜纤毛缺乏等，也会干扰受精卵的正常运输，增加宫外孕风险。
输卵管相关因素
输卵管炎症： 输卵管黏膜炎是引起宫外孕的常见原因之一，炎症会使输卵管黏膜皱襞粘连，导致管腔狭窄，影响受精卵的通行。比如盆腔炎性疾病未得到及时有效治疗，炎症蔓延至输卵管就可能引发输卵管黏膜炎。输卵管周围炎多发生在输卵管的浆膜层或浆肌层，常造成输卵管周围粘连，输卵管扭曲，管腔狭窄，影响受精卵运行。输卵管发育不良或功能异常： 输卵管过长、肌层发育差、黏膜纤毛缺乏等发育不良情况，会影响受精卵的正常运输。而输卵管功能异常，比如内分泌失调影响了输卵管的蠕动等功能，也会让受精卵不能按时到达宫腔，从而在输卵管内着床形成宫外孕。
受精卵游走因素
受精卵在一侧输卵管受精后，经宫腔或腹腔进入对侧输卵管，称受精卵游走。由于受精卵移行时间过长，发育增大，就可能在对侧输卵管内着床形成宫外孕。比如卵子在左侧卵巢排出，在右侧输卵管受精后，由于游走时间过长，到达右侧子宫腔时已经过大，无法正常着床，就会在输卵管内着床。
其他因素
避孕失败： 宫内节育器避孕失败时，发生宫外孕的几率相对较高。比如带器妊娠者中，宫外孕的发生率比未带器者高2 - 3倍。这是因为宫内节育器可能影响受精卵在宫腔内的正常着床，导致受精卵在输卵管等部位着床。子宫肌瘤或卵巢肿瘤压迫： 子宫肌瘤或卵巢肿瘤可压迫输卵管，影响输卵管通畅性，使受精卵运行受阻，增加宫外孕发生概率。例如较大的子宫肌瘤可能压迫输卵管，导致管腔狭窄，阻碍受精卵通过。